بقعه شیخ صفی الدین اردبیلی در حدود ۷۰۰ سال قبل باغ بزرگی به نام اسفریس بوده است که شیخ صفی در بخشی از باغ به ارشاد و تدریس مریدان خود می‌پرداخت و تا حیات شیخ صفی به عنوان یک مجموعه خانقاهی مطرح بوده و پس از وفات وی در سال ۷۳۵ ه. ق به وسیله فرزند وی صدرالدین موسی با ساختن یک برج مقبره‌ای به نام الله الله در محل دفن وی پایه گذاری شد و سپس در طول حکومت شاهان صفوی بخش‌های الحاقی به مجموعه قبلی اضافه شد؛ بطوریکه این مجموعه به مقبره خانوادگی خانقاه صفوی از جمله زن، فرزندان، نوادگان و تنی چند از افراد صاحب مقام، همچنین شاه اسماعیل تبدیل شده و در حال حاضر به عنوان یک مجموعه آرامگاهی محسوب می‌گردد.این اثر با دارا بودن بناهایی از سال ۷۳۵ تا ۱۰۳۸ ه. ق به عنوان یک کلکسیون معماری، تزئینات معماری، کاشیکاری، پرحجم معرق، نقاشی دیواری، صندوق‌های قبور منبت و مشبک کاری شده، درب‌های نقره‌ای و تالار چینی خانه و غیره بیانگر شکوه معماری مذهبی از دوره ایلخانی تا صفوی می باشددواین مجموعه در ۱۵ دی ۱۳۱۰ به ثبت ملی رسید و در ۹ مرداد ۱۳۸۹ برابر با ۳۱ جولای ۲۰۱۰ به عنوان یازدهمین اثر توسط یونسکو به ثبت جهانی رسید.

موزه‌های باستان‌شناسی، مردم‌شناسی (حمام آقانقی) و صنایع دستی (حمام تاریخی شیخ) نیز در بخش جنبی این مجموعه واقع شده‌اند.