مدرسه علمیه خان ، توسط محمد تقی خان بافقی، حاکم یزد در ۱۱۸۶ قمری در بازار و بافت تاریخی یزد در سه حیاط که دو حیاط آن به صورت قرینه و یک حیاط مرکزی بزرگ در میان مدرسه با دو طبقه بنا شده است که قدمت این بنا ۲۵۷ سال است. محمد تقی خان در ۱۱۸۸ قمری این مدرسه را وقف عام نمود و چون مدرسه بزرگ آن ناتمام  ماند به وسیله فرزندش علی نقی خان حاکم یزد تکمیل شد. در تاریخ یزد آمده است که این مدرسه از رونق چشمکیری برخوردار بوده است و همواره  علمای اهل ولایت در این مدرسه تدریس کرده اند. حجرات این مدرسه همچنین محل مشاعره شاعران نامی یزد مانند طراز و قضایی یزدی بوده است. درب این بنا بعد از گذشت نزدیک به نیم قرن امسال برای عموم، مسافران و گردشکران نوروزی باز شد.